O Igam teve sua estrutura orgânica básica alterada pela Lei Delegada 157, publicada no jornal Minas Gerais no dia 26 de janeiro de 2007. O ponto de partida para a formulação das mudanças foi a Lei Delegada 112, de 5 de janeiro, que dispõe sobre a organização e a estrutura da Administração Pública do Poder Executivo do Estado.

Entre as alterações relacionadas na Lei Delegada 157/07, destacam-se a criação do cargo de vice-diretor geral e a redução do número de diretorias de três para duas: Diretorias de Gestão de Recursos Hídricos e de Monitoramento e Fiscalização Ambiental. 

Três Gerências substituem a antiga Diretoria de Planejamento, Gestão e Finanças (DPGF): Gerências de Planejamento e Modernização Institucional; Gestão e de Contabilidade e Finanças. Elas atuarão subordinadas tecnicamente à Subsecretaria de Inovação e Logística do Sistema Estadual de Meio Ambiente (Sisema), como ocorreu também na Fundação Estadual de Meio Ambiente (Feam) e no Instituto Estadual de Florestas (IEF).

A estrutura orgânica complementar, descrição e competências das unidades administrativas serão estabelecidas em decreto que, de acordo com o secretário de Estado de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável, José Carlos Carvalho, deverá ser publicado no mês de fevereiro.

Sisema

As estruturas da Secretaria de Estado de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável - Semad (Lei Delegada 125/07), Feam (Lei Delegada 156/07) e IEF (Lei Delegada 158/07) também foram alteradas. Na esfera da Semad, foram criadas duas subsecretarias com atuação no âmbito do Sistema Estadual de Meio Ambiente (Sisema), que foi oficialmente instituído.

A Subsecretaria de Gestão Ambiental terá atuação na área de regularização ambiental e contará com o apoio de superintendências na Capital e no interior do Estado. A Subsecretaria de Inovação e Logística terá cinco superintendências: Planejamento e Modernização Institucional; Recursos Humanos; Recursos Logísticos e Manutenção; Contabilidade e Finanças, e Coordenação Técnica.