O Grupo Coordenador é o conselho deliberativo do Fhidro, composto por representantes titulares e suplentes de diferentes instituições. O mandato dos membros coincide com o do Governador de Estado.
Sua atuação é regida pela Resolução SEMAD nº 650, de 2007, e possui como atribuição principal deliberar sobre os projetos apresentados ao Fundo. Compete ainda ao Grupo Coordenador deliberar sobre a política geral de aplicação dos recursos, fixar diretrizes e prioridades e acompanhar a execução orçamentária do Fundo.