Além do monitoramento de qualidade das águas na bacia do rio Doce executado pelo Instituto Mineiro de Gestão das Águas, foi implementado em 31 de julho de 2017, o Programa de Monitoramento Quali-Quantitativo Sistemático de Qualidade das Águas e dos Sedimentos no Rio Doce e Zona Costeira (PMQQS). As diretrizes do programa foram definidas pelos órgãos e entidades ambientais federais e dos Estados de Minas Gerais e Espírito Santo.

O PMQQS é realizado pela Fundação Renova e tem o objetivo principal de acompanhar, ao longo do tempo, a recuperação da bacia hidrográfica do rio Doce e zona costeira e estuarinas adjacentes. Esse programa é supervisionado pela Câmara Técnica de Segurança Hídrica e Qualidade da Água - CT SHQA/CIF. Os resultados do monitoramento podem ser acessados em https://monitoramentoriodoce.org/